Utena Tenjou fica órfã de pai e mãe aos seis anos e deseja morrer; quando está prestes a realizar o seu desejo, ela é salva por um misterioso príncipe que lhe dá um anel em forma de Rosa e lhe pede que se mantenha nobre para que possa reencontra-lo. Depois disso, tal qual apareceu, ele desaparece. Que Utena faz? Espera seu príncipe voltar? Não, não, nada disso! Decide ela mesma se tornar um príncipe. No colégio ela veste um uniforme masculino estilizado, para horror dos professores, e se comporta sempre de forma destemida e galante. Fazendo com que as meninas suspirem por ela ... e os garotos também.

Já na adolescência, depois de receber uma série de estranhos cartões postais que se encaixavam como em um quebra cabeça, ela acaba indo estudar na Ohtori Academy, uma escola de Elite, a imagem formada pela união dos cartões. Chegando lá, ela começa a entrar em contato com personagens estranhas: Touga, um playboy que se sente fascinado por ela mas é a pessoa mais manipuladora do mundo; Juri, bela, inteligente, fascinante mas totalmente cética em relação ao mundo e ao amor; Nanami, a garota esnobe e autoritária cujo afeto é somente dedicado ao seu irmão Touga; Saionji, um sujeito extremamente passional e violento mas que se mostra totalmente enredado por Touga ... A lista seria imensa!

Metendo o nariz onde não é chamada - atitude que repete algumas vezes ao longo da série - Utena ao defender uma menina que estava sendo humilhada e maltratada por seu "namorado", Saionji, acaba se envolvendo em um duelo e, por incrível que pareça, vence o terceiro melhor espadachim da escola. Mal sabia Utena que esse incidente iria mudar sua vida e que como resultado ela receberia o poder de Dios - entidade que se apossa dela quando duela - e acabaria ganhando como prêmio, e encargo, a noiva da Rosa ... A partir de então, Anthy Himemyia, a submissa noiva da rosa, vai morar com ela. Anthy, entretanto, esconde um terrível mistério e Utena acaba sendo desafiada para vários duelos consecutivos ... duelos que lhe garantem a posse de Anthy, duelos que começam a lhe revelar um mundo no qual nada é o que parece!

Nesse mundo estranho, Utena parece ser uma das poucas pessoas totalmente inocentes e com o tempo acaba percebendo que Anthy esconde algo. O primeiro dos mistérios de Anthy a serem desvelados é a existência de seu irmão, Akio. Esse irmão termina por fascinar e seduzir Utena, ao mesmo tempo que manipula a todos e mantém um romance secreto com a própria irmã. Conforme Utena se apaixona, vai perdendo sua força, tornando-se uma caricatura da feminilidade romântica, ficando mais e mais vulnerável. Seria o irmão de Anthy, Akio, o princípe de tantos anos atrás? Dificilmente, pois o princípe pediu que ela se mantivesse nobre e Akio quer corrompê-la. Segundo seu princípe, ela só seria vitoriosa se se mantivesse nobre, mas e se Utena falhar? Quem irá "Revolucionar o Mundo"?